Прошло 2,5 года. Всё это время было достаточно спокойно,но теперь организация акацуки начала действовать. Все попытки убить их или поймать закончились полным провалом. В некоторых деревнях ситуация ближется к критической. В Суне(Скрытая деревня Песка) усилена охрана Казекаге,т.к. он является джинчуурики. В Конохе сложилась более сложная ситуация,т.к надо найти Саске и одновременно не дать Акацукам похитить Наруто,для исполнения своего плана.Т.к. в стране огня нехватка квалифицированных шиноби,в принципе как и в других деревнях,Пятая идёт на крайние меры и начинает формировать спец. отряды набирая в них как членов Анбу, так и команды чунинов, во главе с их командирами (джоунинами), которые раньше на подобных миссиях не задействовались.Обстановка строжайшей секретности – позволяет тщательно скрывать эту информацию от не посвящённых молодых ниндзя, однако время идёт и ситуация по прежнему продолжает ухудшаться…
В селении Звука тоже не всё гладко. Расправившись с Орочимару,Учиха Саске,собрав свою команду,  отправляется на поиски своего брата Учихи Итачи
Тем временем Лидер-сама(Пейн) раздал всем Акацукам миссии по поимки хвостатых демонов. При чём провал в этих миссиях не допусти. Сам Пейн и его верная преспешница отправляются в страну дождя, ожидая результатов миссии...